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种质资源库系统

作者: 零代码工程师小唐
阅读数:219
更新时间:2024-02-23 20:34:49
种质资源库系统

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p>种质资源库系统的任务是将不同基因型的物种组成库,以供遗传人员、科研人员查询使用。

除了植物的实时存储库外,还努力开发所有这些基因型的数字存储库。 数字存储库包括字符描述、选定重要字符的定量测量和所有描述符的图像。 已经开发了一个支持网络的界面,用于选择性检索具有所需字符的种质,也用于检索所选基因型的所有信息。 该信息系统将在种质资源收集中心、育种者和其他最终用户中发挥作用,使他们能够选择合适的种质资源并避免重复。

一、背景

遗传多样性的保护和利用对于当前的利用和未来可持续利用和发展的需求都很重要。

任何育种计划都基于物种遗传资源的可用性,还包括相关物种和一般物种。任何种质资源收集和活库中的基因型数量都受到空间、劳动力和遗传资源管理所需的巨额资金的限制。

随着全球育种计划的集中努力,大多数物种每年都会增加数百个品种,实际上很难将所有种质保存在一个地方。育种者和研究人员面临为育种计划确定特定类型遗传多样性的困难。通常很难找到有关具有某些感兴趣特征的种质的信息,例如更高的产量、对生物或非生物胁迫的抗性等。因此,种质信息的记录和编目对于正确保存和利用种质是必要的。

挖掘种质信息对于了解作物多样性及其有效利用以维持丰富的生产和健康的环境也是必要的。

二、功能示范

当前世界上已有各种研究人员已经开发了许多种质资源库,即 Horry 等人 (2002) 在菠萝中; Rajagopal 等人 (2005) 在椰子中; Upadhyaya 等人 (2007) 在珍珠小米; Savita 和 Hussain(2009 年)在大豆中; Singh 等人(2013 年)在香蕉中; Praveen 等人 (2015) 在甘蔗中。

从中学习优秀的经验,对开发使用自己的系统很有必要。下面本文将以印度的玫瑰基因资源库系统为例。

ICAR - 印度园艺研究所 (ICAR-IIHR) 在过去 5 年中长期从事主要园艺作物种质的收集、保存和改良工作。

这项研究有两个主要目标
(i)建立玫瑰基因型的数字存储库和
(ii)开发支持网络的界面以检索有关玫瑰及其所需基因型的基本信息。

ICAR-IIHR 位于班加罗尔的 Hesa​​raghatta(北纬 13°08’,东经 77°29’,海拔 767 米)。天气温和,土壤呈红色。 ICAR-IIHR 的玫瑰种质收集包括 320 种不同类别的基因型。该系列包括本土和外来品种,其中大部分属于罗莎杂交品种。它包括混合茶、Floribunda、漫步者和登山者的园艺类别。 ICAR-IIHR 正在维护 13 种不同的玫瑰。在本研究模型中,基因型根据效用(香型、切花和喷雾型散花)进行分类,重点关注农民需求的遗传改良。

种质资源收集的表征描述符基于印度政府植物品种和农民权利保护局 (PPV&FRA) 在独特性、一致性和稳定性测试实施指南 (DUS) 中规定的 60 个描述符) 用于建立基因型的唯一性。描述符由 17 个植物性状和 43 个生殖性状组成。营养性状中,叶性状9个,茎性状8个,而花性状41个,果实性状2个。因此,种质收集通过其护照数据进行认证;我们已经在我们的信息系统中包含了相同的内容。每个字符都有一个用文字解释的状态列表,每个状态由一个整数代码表示。

该信息系统是在Windows操作系统的WampServer 2.5虚拟主机平台上开发的。后端数据库是在 MySQL 关系数据库管理系统 (RDBMS) 中开发的,它由 62 个表组成——一张用于护照数据,一张用于特征数据,其余用于各种其他字符。描述符和护照数据收集在 Excel 文件中,并使用 phpMyAdmin 管理工具导入数据库。数据库的基于 Web 的用户界面是用超文本标记语言 (HTML) 和超文本预处理器 (PHP) 语言开发的。 PHP 的 mysqli 扩展应用程序编程接口 (API) 已被选择用于与 MySQL 数据库服务器交互。变量使用 POST 方法在搜索和结果页面之间传递。

三、优缺点分析

ICAR-IIHR系统针对玫瑰花展开了育种种质的收集与分析、管理。

但是该系统只针对一个物种的种质,仍存在一定的局限性。

且系统开发流程过于简单,只是本机的数据库开发,没有利用云技术,因此缺少了诸多的便利,低代码平台+定制的方案或许是一个更好的解决方案。

如您想要了解更多种质相关技术,以及低代码,欢迎联系南京速优云,我司基于领先的低代码平台+定制的方案,确保效率以及经济性,助您的平台更快上线,稳定运行。

 

 

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